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洁净室污染的最大威胁来自使用者本身。在医疗和制药行业，微生物的控制是非常重要的，尤其是可能从皮肤脱落而沉积到气流中的微生物。研究洁净室微生物区系对于微生物学家和质量控制人员评估变化趋势具有重要意义，特别是对耐药菌株筛查、清洁消毒方法研究有现实意义。 典型的洁净室菌群主要是与人类皮肤相关的菌群，也会有其他来源的微生物，例如来自环境和水，但数量较少。常见的细菌属包括微球菌属，葡萄球菌属，棒状杆菌属和芽孢杆菌属，真菌属包括曲霉属和青霉属。
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