我国《食品添加剂使用卫生标准》（GB 2760-2014）规定：使用量按正常生产需要而定。柠檬酸钠用于清凉饮料可缓和酸味，改进口味。在酿造中加入本品，可促进糖化作用，用量约为0.3%。在冰糕和冰淇淋制造中，柠檬酸钠可用作乳化剂和稳定剂，用量为0.2%~0.3%。本品还可用作乳制品的防止酸败剂，加工干酪和鱼肉制品等的增黏剂，以及食品的甜味矫正剂等。 有学者探究了柠檬酸钠对小鼠生理及肠道菌群的影响，结果表明，膳食中柠檬酸钠的添加能降低试验小鼠的体重，而高剂量的柠檬酸钠可显著提高小鼠血清中高密度脂蛋白胆固醇的含量。通过对小鼠粪便样品的菌群分析，发现柠檬酸钠的添加会影响其beta多样性。在门水平上，与空白组相比，摄食柠檬酸钠不会影响肠道微生物所属门的种类，但会使厚壁菌门和拟杆菌门的比例发生变化，但是由于小鼠自身的个体差异很大，并且大部分的柠檬酸钠可能在小肠部位被吸收，因此，结果未呈现一定规律性。而在属水平上，除了共有的菌属外，在当前的测序深度下柠檬酸钠高剂量组还检测到了Corynebacterium（棒状杆菌属）和Staphylococcus（葡萄球菌属），说明摄食高剂量的柠檬酸钠会对小鼠的肠道微生物造成一定影响，并可能通过菌群代谢产物短链脂肪酸的改变影响小鼠的血清生化指标。

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