分离纯化工艺主要有溶剂外加能量协助提取法、提取重结晶法、超临界 CO2 萃取法和溶剂提取层析法 。溶剂提取重结晶法一般采用的溶剂汽油法，乙醇法和碱水提取酸沉淀法进行生产，此类方法明显增加了青蒿素植物的有效利用率。 1. 碱水提取酸沉淀法：取一定量的青蒿枝叶干粉加入乙醇搅拌浸提，得到乙醇提取液，减压干燥，将其溶于乙醚-水两相溶液中，分别得到青蒿素和青蒿酸。此种方法的青蒿酸收率达到 90% ，青蒿素的提取率为 57% 。 2. 乙醇法：取一定量的青蒿枝叶干粉，用稀乙醇浸泡 24 h，得到乙醇提取液，将其注入连续萃取装置，再用含苯和乙酸乙酯的溶剂汽油萃取，得到醇相和萃取相，醇相可循环使用，萃取相用活性炭脱色，过滤，回收溶剂，然后得到浓溶液，再冷却结晶得到青蒿素粗晶物，再用乙醇重结晶得到青蒿素成品。此方法有收率较高，成本较低，步骤较少，操作简单，安全等优点。 3. 溶剂汽油法：取一定量的青蒿枝叶干粉，用 8～10 倍 120 号溶剂汽油浸泡 3 次，得到溶剂汽油提取液，再减压浓缩并放置结晶，得青蒿素粗品，用少量 120 号溶剂汽油多次洗涤，50% 乙醇醇结晶 2～3 次，最终得到青蒿素白色针晶。此种方法工艺步骤简便，容易大批量生产使用。 溶剂提取层析法有三种提取方法，分别是丙酮- 硅胶柱层析法、低沸汽油-超短粗型球状扩孔硅胶层析法、乙烷提取-乙烷/乙腈-硅胶柱层析法。