1、褪色防治

栀子黄提取过程中藏花素、藏花酸分子本身含有多个不饱和共轭双键, 易受亲电试剂如H+、金属离子等破坏，逐渐变为饱和烃，色素吸收峰向紫外区漂移，即发生褪色。通过添加色素稳定剂(如EDTA 二钠) ，避免与金属离子接触，调整色素所在体系的酸碱度等方向可有效防止褪色。

2、绿变防治

栀子苷是引起桅子黄色素绿变的主要因素，它在蛋白酶或B-葡萄糖苷酶的作用下易与伯氨基化合物发生反应生成栀子蓝色素。为了有效防止绿变，必须从提取和精制着手，尽可能地除去色素中的栀子苷。

3、综合防治

栀子黄色素和B- 环糊精相互作用形成1：1型包合物, 栀子黄色素的长链结构进入B- CD 的疏水内腔，使其所处微环境发生了改变， 抑制了光、热、酸碱、氧化等因素引起的褪色反应，大大增强了色素的稳定性 。EDTA-Na2 能稳定桅子黄色素的分子结构，鳌合色素中的金属离子，增强色素稳定性。多聚磷酸钠，偏磷酸钠， 磷酸氢二钠,，C- 谷维素， 3, 5-二咖啡酰奎宁酸，3 4- 二咖啡酰奎宁酸，4, 5- 二咖啡酰奎宁酸，3, 4, 5- 三咖啡酰奎宁酸和它们的盐类都可作桅子色素的护色剂, 防止褪色。橘皮苷的二糖苷、在藏花酸分子上连接龙胆二糖, 可使桅子黄色素对紫外光的稳定性增强。加入一定量苯甲酸、山梨酸、八角水提液或酒精提取液, 可防止桅子黄色素着色的面类制品绿变 。