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栀子黄色素提取液可以用果胶酶处理、板框过滤、离心等方法进行初步精制，去除果胶、蛋白质等大分子物质。但要去除引起色素绿变的栀子苷，必须进一步纯化。常用的精制方法有：树脂吸附法、超滤法、反渗透法、超临界流体萃取法、凝胶层析法、铅盐沉淀法、活性炭吸附法等，但真正用于生产的很少，国外仅有大孔树脂吸附法已应用于工业化生产。
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