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LC-MS/MS在液相质谱的基础上采用串联质谱，能够获得分子离子峰和碎片离子峰，可对碱基同时进行定性和定量分析。第一步使用TRIzol提取完Total RNA后，对mRNA进行富集并去除rRNA。第二步是在37℃条件下，将200-300 ng mRNA用含有25 mM NaCl和2.5 mM ZnCl2缓冲液的核酸酶P1（2 U）消化2 h，然后加入NH4HCO3（1 M，3 μl）和碱性磷酸酶（0.5 U），37℃再孵育2 h后，将RNA从单链消化成单个碱基。
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