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粪大肠杆菌是总大肠菌群的一部分，主要来自粪便。测定方法分为多管发酵法和滤膜法两种。总大肠菌群既包括了来源于人类和其他温血动物粪便的粪大肠杆菌，还包括了其他非粪便的杆菌，故不能直接反映水体近期是否受到粪便污染。测定粪大肠杆菌的方法与总大肠菌群的方法大致相同，也分多管发酵法和滤膜法两种，区别仅在于培养温度的不同。粪大肠杆菌的检测多在总大肠菌群的检测基础上进行。方法如下：材料：蛋白胨10g；牛肉浸膏3g；乳糖5g；氯化钠5g；1.6%溴甲酚紫乙醇溶液1ml；步骤：将蛋白胨、牛肉浸膏、乳糖、氯化钠加热溶解于1000ml水中，调节pH至7.2~7.4,再加入1.6%溴甲酚紫乙醇溶液1ml,充分混匀，分装于含有倒置小玻璃管的试管中，115C高压蒸汽灭菌20min,储存于冷暗处。粪大肠杆菌测定是通过提高培养温度的方法，造成不利于来自自然环境的大肠菌群生长的条件，从而使培养出来的菌主要为来自粪便的大肠埃希氏菌(包括克雷伯氏菌属)。
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