1、成份不同

低聚异麦芽糖：主要成分为葡萄糖分子间以α-1 ，6糖苷键结合的异麦芽糖、潘糖、异麦芽三糖及四糖以上的低聚糖。

低聚果糖：商品低聚果糖一般还含有少量蔗糖、果糖、葡萄糖。

2、化学结构不同

低聚异麦芽糖：两个葡萄糖分子以α-1，4糖苷键连接起来的双糖，异麦芽糖（Isomaltose）则是两个葡萄糖分子以α-1，6糖苷键连接起来的双糖。

低聚果糖：2～5个果糖基为链节，以一个葡萄糖基为链的端基，以果糖基→果糖连接键为主体骨架连结形成的碳水化合物。

3、功效不同

低聚异麦芽糖：

低聚异麦芽糖难以被胃酶消化，甜度低、热量低，基本上不增加血糖血脂。低聚异麦芽糖能促进肠道内双歧杆菌增殖，抑制肠道有害菌及腐败物质形成，增加维生素含量，提高机体免疫力。预防龋齿功能。低聚异麦芽糖属于非消化低聚糖类，具有水溶性膳食纤维功能。

促进食物消化、吸收，维持肠道正常功能。恢复抗菌素治疗、放射线治疗、化学治疗期间肠道正常菌落。改善腹泻与便秘，抑制病原菌和腐败菌。提高机体免疫力，起到免疫调节剂作用。减少肠道致癌物质，改善血清脂质，降低胆固醇含量。营养素吸收促进作用和产生营养素。

低聚果糖：

低聚果糖除具有一般功能性低聚糖的物理化学性质外，最引人注目的生理特性是它能明显改善肠道内微生物种群比例，它是肠内双歧杆菌的活化增殖因子，可减少和抑制肠内腐败物质的产生，抑制有害细菌的生长，调节肠道内平衡。

能促进微量元素铁、钙的吸收与利用，以防止骨质疏松症；可减少肝脏毒素，能在肠中生成抗癌的有机酸，有显著的防癌功能；且口味纯正香甜可口，具有类似脂肪的香味和爽口的滑腻感。近几年低聚果糖的产品风靡日、欧、美等保健品市场。

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